نمی‌توان از همه سرطان‌های مری پیشگیری کرد، اما با اجتناب از برخی عوامل خطرساز می‌توان میزان ابتلا به این بیماری را تا حد زیادی کاهش داد. بعضی از راه‌های کاهش خطر عبارت‌اند از‌: 

 از مصرف دخانیات خودداری کنید: 
مهم‌ترین عامل خطرزا برای سرطان مری استفاده از تنباکو است. ریسک بروز سرطان مری در افرادی که روزانه یک پاکت سیگار می‌کشند، دو برابر افراد عادی است. اجتناب از دخانیات یکی از بهترین راه‌ها برای محدود کردن خطر ابتلا به سرطان مری است. گاهی اوقات سموم ناشی از سیگار، به اندام‌های سیستم گوارشی آسیب جدی وارد می‌کند، به‌طوری که احتمال بروز سرطان در این افراد همچنان نسبت به سایرین بالاست.

مراقب رژیم غذایی، وزن بدن و فعالیت بدنی خود باشید: 
پیروی از یک الگوی غذایی سالم و حفظ وزن سالم مهم است. رژیم غذایی سرشار از میوه‌ها و سبزیجات ممکن است به کاهش خطر ابتلا به سرطان مری کمک کند. چاقی با سرطان مری، به‌ویژه نوع آدنوکارسینوما مرتبط است، بنابراین حفظ وزن سالم به کاهش خطر ابتلا به این بیماری کمک می‌کند. از طرفی فعالیت بدنی خطر ابتلا به سرطان مری را کاهش دهد. محققان در تحقیقات خود به این نتیجه رسیده‌اند که ریسک بروز انواع سرطان مانند سرطان مری در افرادی که آنتی‌اکسیدان مصرف می‌کنند، کمتر است. آنتی‌اکسیدان‌ها همان موادی هستند که از ما در برابر رادیکال‌های آزاد محافظت می‌کنند. رادیکال‌های آزاد نیز به دلیل واکنش‌های بدن یا پردازش مواد غذایی تولید می‌شوند. اگر رادیکال‌های آزاد به درستی از بدن حذف نشوند، ریسک بروز سرطان افزایش پیدا می‌کند. آنتی‌اکسیدان‌ها می‌توانند شامل موادی مانند ویتامین‌های (A)‌، (C) و (E)، بتاکاروتن،‌ لیکوپن، مواد معدنی مس‌، روی، منگنز و سلنیوم باشند. این مواد در میوه و سبزیجات تازه به وفور یافت می‌شوند. به همین دلیل پزشکان متخصص گنجاندن این خوراکی‌ها را در رژیم غذایی توصیه می‌کنند.

رفلاکس معده را درمان کنید: 
معده به دلیل آنزیم و اسیدهایی که برای هضم غذا تولید می‌کند، محیط خشنی دارد. اگر این مواد راهی برای ورود به اندام‌های بالایی دستگاه گوارش مانند مری و دهان پیدا کنند، باعث آسیب آن‌ها خواهند شد. ساختار این اندام‌ها به‌گونه‌ای نیست که بتوانند در برابر اسید معده مقاومت داشته باشند. به همین دلیل رفلاکس معده در طولانی‌مدت، ریسک بروز سرطان مری را افزایش می‌دهد. سوزش سردل که در وسط قفسه سینه احساس می‌شود، از علائم رایج رفلاکس اسید معده است. علت رفلاکس به ضعیف شدن اسفنکتر پایینی مری بازمی‌گردد. این اسفنکتر غذا را از مری به معده هدایت می‌کند و از سویی دیگر مانع بازگشت غذا و اسید معده به اندام‌های فوقانی دستگاه گوارش می‌شود‌. 

ورزش کنید
 تمرینات ورزشی، سیستم ایمنی بدن را تقویت می‌کنند. به همین دلیل بدن توانایی بیشتری برای مقابله با عوامل بیماری‌زا دارد. همچنین ورزش در کنار تغذیه مناسب، از اضافه‌وزن جلوگیری می‌کند. افرادی که چاق هستند و از اضافه‌وزن رنج می‌برند، بیشتر در معرض رفلاکس معده قرار دارند. رفلاکس معده درمان نشده نیز ریسک بروز سرطان مری را افزایش می‌دهد.