صنعت پالایش کشور با توجه به مجموعه‌ای از عوامل مهم در معرض چالش‌هایی قرار گرفته که ضروری است، تصمیمات و اقدامات اصلاحی به‌صورت عاجل برای خروج این صنعت از وضعیت فعلی توسط دولت و مجلس اتخاذ شود. با گسترش سیاست‌های جهانی برای کاهش انتشار کربن و دستیابی به خنثی‌سازی کربن (Net Zero) تا سال ۲۰۵۰ و شدت یافتن این خط‌مشی‌ها از سال ۲۰۳۰، تقاضا برای سوخت‌های فسیلی به‌طور قابل‌توجهی کاهش می‌یابد. بر اساس گزارش آژانس بین‌المللی انرژی، انتظار می‌رود مصرف جهانی نفت از اوایل دهه ۲۰۳۰ روند کاهشی پیدا کند و تا سال ۲۰۵۰ حداقل ۳۰ درصد نسبت به سطح کنونی کاهش یابد. این روند نزولی قیمت و تقاضا، حاشیه سود و چشم‌انداز مالی پالایشگاه‌های نفت کشور را تحت‌تأثیر قرار می‌دهد. همچنین تغییرات در دستورالعمل نرخ خوراک و فرآورده‌های نفتی در بهمن ۱۴۰۲، شامل سخت‌گیری‌های بیشتر در قیمت‌گذاری فرآورده‌ها، از جمله بنزین تولیدی پالایشگاه‌های داخلی در کنار کاهش قیمت‌های جهانی، موجب شد حاشیه سود خالص پالایشگاه‌ها در نیمه نخست سال جاری نسبت به مدت مشابه سال گذشته، به‌طور میانگین بیش از ۵۰ درصد کاهش یابد. در حال حاضر حاشیه سود خالص برخی از پالایشگاه‌های بزرگ کشور حدود دو تا سه درصد است که افت شدید سودآوری در این صنعت را نشان می‌دهد. به دلیل عدم پرداخت به‌موقع مطالبات پالایشگاه‌ها (بالغ بر ۱۲۵ همت) از سوی دولت و کاهش نقدینگی ناشی از عوامل پیش‌گفته، بخش عمده‌ای از منابع مالی لازم برای توسعه و بهبود فناوری‌های تولید و افزایش کیفیت فرآورده‌ها با ابهام مواجه است. با توجه به شرایط اقتصادی و محدودیت‌های مالی دولت، این بدهی‌ها به مرور زمان افزایش یافته و امید اندکی برای تأمین مالی طرح‌های توسعه‌ای باقی ماند. صنعت پالایش نفت از جمله صنایعی است که دولت نه‌تنها قیمت و کیفیت خوراک ورودی آن را کنترل می‌کند، بلکه بر قیمت و نحوه توزیع محصولات آن نیز نظارت مستقیم دارد. با افزایش ناترازی انرژی در کشور و کاهش توان مالی دولت، به نظر می‌رسد سیاست‌ها به‌جای تمرکز بر سودآوری پالایشگاه‌ها، تأمین امنیت انرژی را در اولویت قرار داده و به‌همین دلیل محدودیت‌های بیشتری به این صنعت تحمیل خواهد شد. علاوه بر این، با توجه به حضور سهام عدالت در ترکیب سهام‌داری برخی از پالایشگاه‌ها مثل تهران، کشمکش‌های به‌وجود آمده بین شرکت ملی پالایش و پخش و کانون سهام عدالت نیز خود بر بلاتکلیفی نظام مدیریتی در این صنعت دامن زده است. بسیاری از سودهایی که در صورت‌های مالی پالایشگاه‌ها نشان داده می‌شود، به دلیل نرخ استهلاک نزدیک به صفر و عدم تجدید ارزیابی دارایی‌ها، به‌طور واقعی در حساب‌های بانکی آن‌ها وجود ندارد. این موضوع باعث شده که بسیاری از پالایشگاه‌ها در تأمین نقدینگی برای عملیات روزانه و طرح‌های توسعه‌ای خود با مشکلات جدی مواجه شوند. مطالبات زیاد سهام‌داران (که عمدتاً صندوق‌های بازنشستگی هستند) در موضوع افزایش درصد تقسیم سود نیز منجر به تشدید این کمبود نقدینگی شد. با توجه به چشم‌انداز پرچالش این صنعت، به سهام‌داران شرکت‌های پالایشی توصیه می‌شود که با فوریت، رویکرد سرمایه‌گذاری خود را به سمت هلدینگ‌های پتروپالایشی و همچنین انرژی تغییر داده و سرمایه‌گذاری‌های خود را هم به سمت پایین‌دست و هم به سمت حوزه انرژی‌های تجدیدپذیر سوق دهند. در چنین وضعیتی، نقش سیاست‌گذاران در ایجاد یک بستر پایدار و حمایت‌کننده برای این صنعت بسیار حیاتی به شمار می‌آید. تمرکز دولت بر تنظیم‌گری صحیح و کاهش دخالت‌های غیرضروری، به‌جای تصدی‌گری و واسطه‌گری مستقیم در بخش پالایش می‌تواند به ایجاد تعادل و ثبات در بازار کمک کند. حمایت از پالایشگاه‌ها در مسیر انتقال به انرژی‌های تجدیدپذیر و کاهش وابستگی به نفت خام، به‌عنوان یک راهبرد ملی بلندمدت و میان‌مدت به کاهش هزینه‌های زیست‌محیطی و اقتصادی و از همه مهم‌تر کاهش ناترازی انرژی در کشور یاری می‌رساند.