باید این موضوع را بپذیریم که یکی از اصلی‌ترین چالش‌های بانک‌های ایران، مسئله بنگاه‌داری و تأثیرات منفی آن بر عملکرد سیستم بانکی است؛ موضوعی که رئیس‌کل اسبق بانک مرکزی که هم‌اکنون در مقام وزیر اقتصاد قرار دارد، بر آن تأکید دارد.
 بسیاری از بانک‌ها -به‌ویژه بانک‌های خصوصی- علاوه بر فعالیت‌های بانکداری، به بنگاه‌داری و حتی بنگاه‌سازی نیز پرداخته‌اند. این روند موجب شده منابع مالی بانک‌ها به‌جای هدایت به سمت فرایندهای تولیدی و تأمین مالی پروژه‌های اقتصادی، در دارایی‌های غیرمولد و بنگاه‌های وابسته به خود قفل شوند. 
در شرایط کنونی کشور که نیاز مبرمی به هدایت منابع مالی به سوی پروژه‌های مولد و زیرساختی وجود دارد بنگاه‌داری، علاوه بر مشکلاتی که برای بانک‌ها ایجاد می‌کند، بهره‌گیری از ظرفیت‌های آن‌ها برای حمایت مؤثر از تولید و اشتغال‌زایی را ناممکن می‌کند. 
دلایل متعددی برای ورود بانک‌ها به عرصه بنگاه‌داری وجود دارد. نخستین دلیل به سیاست‌های دولت و نحوه پرداخت بدهی‌ها بازمی‌گردد. نهاد دولت برای تسویه بدهی‌های خود، به بانک‌ها سهام شرکت‌های زیان‌ده یا واحدهای تولیدی غیرعملکردی را واگذار می‌کرد. این امر باعث شد بانک‌ها به‌صورت غیرمستقیم به مدیریت بنگاه‌ها ورود کنند. از طرفی، بانک‌ها برای پوشش ریسک تسهیلاتی که به واحدهای تولیدی می‌دادند، مجبور شدند کارخانه‌ها یا املاک را به رهن بگیرند و در صورت نکول تسهیلات، آن‌ها را تملک کنند. این روند موجبات آن را فراهم آورده تا منابع بانک‌ها در بنگاه‌ها و دارایی‌های غیرمولد قفل شود، به‌جای اینکه در چرخه تولید و پروژه‌های اقتصادی مورداستفاده قرار گیرد. به همین دلیل، حتی بانک‌های خصوصی هم وارد این عرصه شدند. این مسئله در بانک‌های خصوصی که به دنبال افزایش سود خود هستند، شدت بیشتری پیدا کرده است. از سویی، شرکت‌های زیرمجموعه به‌نوعی یک پوشش برای بنگاه‌داری بانک‌ها و پرداخت تسهیلات به خودشان هستند. در واقع، به‌جای اینکه بانک‌ها منابع مالی خود را به پروژه‌های مولد و تولیدی تخصیص دهند، آن‌ها این منابع را به شرکت‌های وابسته خود می‌دهند. این روند موجب می‌شود بانک‌ها به‌جای حمایت از بخش‌های اقتصادی و طرح‌های زیرساختی، بیشتر به دنبال کسب سود از طریق بنگاه‌داری و سرمایه‌گذاری در دارایی‌های غیرمولد باشند. به‌عنوان نمونه، در یکی از بانک‌های خصوصی، بخش قابل‌توجهی از تسهیلات (حدود ۹۰ درصد) به شرکت‌های زیرمجموعه خود پرداخت شده، یعنی بانک فوق، منابع را عمدتاً در پروژه‌هایی که به خودشان مرتبط است، منحصر می‌کند. چنین رویکردی موجب افزایش مطالبات غیرجاری و بروز ناترازی در سیستم بانکی می‌شود. یکی از راهکارهای اصلی، خروج بانک‌ها از بنگاه‌داری و بازگشت به فعالیت‌های اصلی بانکداری است. این بدان معناست که بانک‌ها باید منابع خود را به سمت تأمین مالی پروژه‌های تولیدی و زیرساختی هدایت کنند و از ورود به فعالیت‌های غیرمولد و مدیریت بنگاه‌ها اجتناب کنند. بانک‌ها می‌توانند با فروش دارایی‌های خود و واگذاری بنگاه‌ها، منابع مالی لازم را برای تأمین مالی پروژه‌های اقتصادی و تولیدی فراهم کنند. این اقدام علاوه بر اینکه موجب بهبود وضعیت مالی بانک‌ها می‌شود، به کاهش تورم و رفع مشکلات اقتصادی نیز کمک خواهد کرد. در این راستا، بانک‌ها باید برای تأمین منابع مالی به ابزارهای مالی نوین و مشارکت با بخش خصوصی روی‌آورند تا پروژه‌های بزرگ به‌ویژه در حوزه زیرساختی را تأمین مالی کنند. البته موارد گفته شده، تازگی ندارد و همیشه مطرح بوده اما نظام بانکی حاضر به حرکت به این سمت نیست. همچنین یکی از اقدامات مهم در این زمینه، اصلاح قوانین و مقررات بانکداری است که بتواند مانع از ادامه روند بنگاه‌داری شود و بانک‌ها را مجبور به تمرکز بر فعالیت‌های اصلی خود کند. به‌عنوان‌مثال، قانون تأمین مالی تولید و زیرساخت‌ها که اخیراً تصویب شده، فرصت خوبی را فراهم آورده تا بانک‌ها از بنگاه‌داری خارج شوند و به بنگاه‌سازی بپردازند، یعنی به‌جای مالکیت بنگاه‌ها، بانک‌ها منابع خود را در پروژه‌های تولیدی و اقتصادی سرمایه‌گذاری کنند. این تغییرات به تنوع‌بخشی منابع مالی کمک و فرایند تأمین مالی بنگاه‌ها را تسهیل می‌کند. همچنین، نظارت دقیق و شفاف از سوی بانک مرکزی بر عملکرد بانک‌ها و نظارت بر نحوه تخصیص منابع، می‌تواند به این فرایند سرعت بخشد.