مشکل اصلی در بازار نان از همان ابتدا از جایی شروع شد که قیمت این کالای اساسی به صورت دستوری و یارانه‌ای تعیین شد و اجازه ندادند نان با قیمت واقعی به دست مردم برسد. این تصمیم نه‌تنها رضایت مردم را جلب نکرد، بلکه نانوایان و حتی دولت را نیز در وضعیت بغرنجی قرار داد. برخلاف بسیاری از اصناف که ضریب سودشان بر اساس تحلیل‌های دقیق و توسط سازمان حمایت از مصرف‌کنندگان تعیین می‌شود، قیمت نان به دلیل حساسیت‌های اجتماعی و سیاسی به شکل غیرواقعی و یارانه‌ای باقی ماند. این سیاست باعث ایجاد تعارض بین واقعیت‌های اقتصادی و تصمیمات دستوری شده است.
با وجود تورم بالا، افزایش هزینه‌های نیروی کار، مواد اولیه و سایر مخارج تولید، هزینه‌های نانوایان از سایر اصناف مستثنی نیست. کارشناسان با تحلیل‌های دقیق، نرخ‌هایی واقعی و متناسب با هزینه‌ها پیشنهاد داده‌اند، اما دولت همچنان نرخ‌های دستوری و غیرواقعی را به اجرا گذاشته است. این نارسایی باعث شده که نان با کیفیت پایین و نارضایتی عمومی گسترش یابد.
در حوزه نان سنتی و حجیم، سه اتحادیه مسئولیت دارند، اما تصمیم‌گیری‌ها به طور فزاینده‌ای از دست آن‌ها خارج شده و سامانه‌ای دولتی به نام «نانی‌نو» جایگزین این ساختارهای صنفی شده است.
این تغییر رویکرد، برخلاف قواعد معمول صنفی است؛ زیرا مدیریت و نظارت بر تولید و توزیع نان باید توسط صنف انجام شود تا پاسخگویی و شفافیت برقرار باشد. امروز در سطح کشور با نانوایی‌هایی مواجهیم که قیمت‌های متفاوتی دارند و این آشفتگی ناشی از نپذیرفتن نظرات کارشناسی اتحادیه‌ها و سیاست‌های سرکوب نرخ است. این وضعیت علاوه بر کاهش کیفیت نان، موجب سردرگمی مصرف‌کنندگان شده است.
علت اصلی بروز تخلفات در نانوایی‌ها، دو عامل مهم است؛ نخست قیمت‌گذاری دستوری و دوم چندنرخی بودن آرد. این دو عامل مانع شکل‌گیری رقابت سالم بین نانوایان برای تولید نان با کیفیت و قیمت مناسب شده‌اند. وقتی قیمت نان واقعی نیست، طبیعی است که نانوایان برای جبران هزینه‌ها به کاهش وزن نان، کاهش کیفیت یا روش‌های دیگر روی بیاورند. این روند نه‌تنها سلامت اقتصادی نانوایان را تهدید می‌کند، بلکه سلامت غذایی مردم را نیز به مخاطره می‌اندازد.
در کنار این موارد، نبود یک مدیریت واحد در توزیع، تولید، طبخ، قیمت‌گذاری و نظارت باعث ورود چندین نهاد و دستگاه به بازار نان شده که این خود عامل ضعف در اجرای وظایف و افزایش تخلفات است. اتحادیه‌ها امروز هیچ نقشی در تعیین سهمیه آرد ندارند و این وظیفه به سامانه نانی‌نو و دستگاه‌های دولتی واگذار شده است. این وضعیت علاوه بر سردرگمی، باعث تداخل مسئولیت‌ها و ضعف نظارت شده است. بهترین پیشنهاد کارشناسان حذف قیمت‌گذاری دستوری و تخصیص یارانه مستقیم به مصرف‌کننده نهایی است. این رویکرد به مصرف‌کننده کمک می‌کند تا قدرت خرید خود را حفظ کند، در حالی که بازار به سمت قیمت‌های واقعی و رقابتی هدایت می‌شود. همچنین واگذاری اختیار تعیین نرخ به استان‌ها ممکن است به افزایش نوسانات و بی‌ثباتی قیمت‌ها منجر شود، بنابراین این راهکار باید با احتیاط و هماهنگی اجرا شود.