حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی شهادت حجت‌الاسلام والمسلمیـن سیـدابراهیـم رئیـسـی، رئیس‌جمهوری اسلامی ایران، امیرعبداللهیان وزیر امور خارجه، حجت‌الاسلام‌والمسلمین آل‌هاشم نماینده ولی‌فقیه در آذربایجان شرقی، رحمتی استاندار آذربایجان شرقی و دیگر همراهان گرامی ایشان را در سانحه هوایی تسلیت گفتند. متن پیام تسلیت رهبر انقلاب اسلامی به این شرح  است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با اندوه و تأسف فراوان خبر تلخِ درگذشتِ شهادت‌گونه‌ عالم مجاهد، رئیس‌جمهور مردمی و باکفایت و پرتلاش، خادم‌الرضا علیه‌السلام جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید ابراهیم رئیسی و همراهان گرامی ایشان رضوان‌الله‌علیهم را دریافت کردم.
این حادثه‌ ناگوار در اثنای یک تلاش خدمت‌رسانی اتفاق افتاد؛ همه‌ مدت مسئولیت این انسان بزرگوار و فداکار چه در دوران کوتاه ریاست‌جمهوری و چه پیش از آن، یک‌سره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد.
رئیسی عزیز خستگی نمی‌شناخت. در این حادثه‌ تلخ، ملت ایران، خدمتگزار صمیمی و مخلص و باارزشی را از دست داد. برای او صلاح و رضایت مردم که حاکی از رضایت الهی است بر همه‌چیز ترجیح داشت، از این‌رو آزردگی‌هایش از ناسپاسی و طعن برخی بدخواهان، مانع تلاش شبانه‌روزی‌اش برای پیشرفت و اصلاح امور نمی‌شد.
در این حادثه‌ سنگین شخصیت‌های برجسته‌‌ای مانند حجت‌الاسلام آل‌هاشم امام جمعه‌ محبوب و معتبر تبریز، جناب آقای امیرعبداللهیان وزیر خارجه‌ مجاهد و فعال، جناب آقای مالک رحمتی استاندار انقلابی و متدین آذربایجان شرقی و گروه پروازی و دیگر همراهان نیز به رحمت الهی پیوستند.
اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام می‌کنم و به ملت عزیز ایران تسلیت می‌گویم. جناب آقای مخبر طبق اصل (۱۳۱) قانون اساسی در مقام مدیریت قوه‌ مجریه قرار می‌گیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقننه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر 50 روز رئیس‌جمهور جدید انتخاب شود.
در پایان تسلیت صمیمی خود را به مادر گرامی جناب آقای رئیسی و همسر فاضل و بزرگوار ایشان و دیگر بازماندگان رئیس‌جمهور و خانواده‌های محترم همراهان به‌ویژه والد ماجد جناب آقای آل‌هاشم معروض می‌دارم و صبر و تسلای آنان و رحمت الهی برای درگذشتگان را مسئلت می‌کنم.