فعالان صنعت داروسازی با فعالیت داروخانه‌های آموزشی در داخل دانشکده‌های داروسازی کاملا موافق هستند و حضور این داروخانه‌ها را عامل مهمی در اعتلای آموخته‌های دانشجویان داروسازی می‌دانند، اما همه این مزیت‌ها به این معنی نیست که داروخانه آموزشی می‌تواند در صنعت داروسازی کشور و ارائه خدمات دارویی به مردم انحصار ایجاد کند و روزبه‌روز عریض‌تر و طویل‌تر از گذشته شود. این اتفاق کاملا خلاف سیاست‌های کلی نظام سلامت و خلاف اصل 44 قانون اساسی است. شکی نیست که دانشکده‌های داروسازی باید از پتانسیل داروخانه‌های دولتی موجود برای آموزش دانشجویان استفاده کنند، اما اینکه داروخانه آموزشی پا را از دایره مسئولیت‌ها و وظایفشان فراتر بگذارند و همچون تافته‌ای جدابافته یکه‌تاز ارائه خدمات دارویی شوند، مسئله‌ای است که هم بخش خصوصی را رفته‌رفته از عرصه خدمات‌رسانی حذف می‌کند و هم بیمار را از دریافت خدمات دارویی باکیفیت‌تر محروم می‌سازد. در شرایطی که کارشناسان خبره صنعت داروسازی، حضور داروخانه‌های آموزشی را برای ارتقای دانش داروسازی کشور مفید ارزیابی می‌کنند، اغلب این کارشناسان هم اجماع نظر دارند که داروخانه‌های آموزشی باید به مأموریت اصلی خود بپردازند و نباید به سمت فعالیت‌های تجاری و بازاری در عرصه توزیع دارو گام بردارند. داروخانه‌های آموزشی نباید به سمت ایجاد انحصار در توزیع دارو سوق پیدا کنند و از همه مهم‌تر اینکه نباید تولیت نظام سلامت برای داروخانه‌های آموزشی، امتیاز خاصی قائل شود. 

اینکه یک داروخانه آموزشی، ابتدا با هدف آموزش به دانشجویان، شروع به فعالیت کند و سپس آهسته‌آهسته به فعالیت تجاری روی بیاورد، جز ضربه زدن به اقتصاد داروخانه‌های فعال در بخش خصوصی معنی دیگری ندارد. تجربه موفق صنعت داروسازی در کشورهای توسعه‌یافته اثبات کرده است که اعتماد به بخش خصوصی و تقویت و حمایت آن می‌تواند صنعت داروسازی یک کشور را قابل‌رقابت با بازارهای جهانی سازد، اما اگر با توجیه آموزش به دانشجویان، داروخانه‌های آموزشی را توسعه دهیم و به سمت اقتصاد دولتی در صنعت داروسازی گام برداریم، قطعا چنین مسیری به ارتقای صنعت داروسازی کشور، حضور موفق در بازارهای جهانی و افزایش صادرات دارو منجر نخواهد شد. جدای از انحصار پرآسیبی که داروخانه‌های آموزشی ایجاد خواهند کرد، انتظار داریم حداقل استانداردسازی داروخانه‌های آموزشی بر اساس مؤلفه‌های آموزش دانشجویان داروسازی در اولویت قرار گیرد، به‌گونه‌ای که استانداردهای آموزشی در این داروخانه‌ها به استانداردهای رایج آموزش دانشجویان داروسازی در کشورهای توسعه‌یافته نزدیک شود.