بسیاری از افراد تجربه‌ای مشترک دارند: غذایی می‌خورند و پس از آن احساس می‌کنند بدنشان واکنش ناخوشایندی نشان داده است. گاهی دل‌درد، نفخ یا تهوع سراغشان می‌آید و گاهی علائم دیگری ظاهر می‌شود. در چنین موقعیت‌هایی اغلب گفته می‌شود «به این غذا آلرژی دارم»، اما در واقعیت، همه واکنش‌های بدن به مواد غذایی را نمی‌توان آلرژی نامید. اصطلاح‌هایی مانند آلرژی غذایی، حساسیت به غذا و عدم تحمل غذایی در گفت‌وگوهای روزمره اغلب به جای یکدیگر به کار می‌روند، در حالی که در علم پزشکی هر یک معنای مشخصی دارند و به سازوکارهای متفاوتی در بدن اشاره می‌کنند. همین شباهت ظاهری در واژه‌ها باعث شده بسیاری از افراد دقیقاً ندانند مشکلشان چیست و چه تفاوتی میان این سه وضعیت وجود دارد.
آلرژی غذایی در تعریف علمی، نوعی پاسخ دستگاه ایمنی بدن به یک ماده غذایی خاص است. در این حالت، سیستم ایمنی برخی از اجزای غذا را به اشتباه به عنوان عامل آسیب‌رسان تشخیص می‌دهد و واکنشی دفاعی نشان می‌دهد. 
این واکنش معمولاً قابل پیش‌بینی و تکرارپذیر است؛ یعنی فرد هر بار که آن ماده غذایی را مصرف کند، دوباره همان واکنش را تجربه خواهد کرد، حتی اگر مقدار مصرف کم باشد یا غذا به شکل متفاوتی آماده شده باشد. با وجود توجه زیاد رسانه‌ها به این موضوع، آلرژی واقعی چندان شایع نیست. 
بررسی‌ها نشان می‌دهد حدود هشت درصد کودکان و نزدیک به چهار درصد بزرگسالان دچار آلرژی حقیقی غذایی هستند. در میان مواد غذایی نیز برخی گروه‌ها بیشتر از دیگران عامل این واکنش‌ها هستند؛ از جمله شیر، تخم‌مرغ، ماهی، میگو، گندم، سویا، بادام‌زمینی و انواع مغزهای درختی مانند بادام، پسته، فندق و گردو.
در مقابل، اصطلاح‌هایی مانند حساسیت به غذا یا عدم تحمل غذایی بیشتر به واکنش‌هایی اشاره دارند که به دستگاه ایمنی مربوط نیستند. یکی از رایج‌ترین توضیح‌ها برای عدم تحمل غذایی، ناتوانی بدن در هضم یا پردازش یک ماده غذایی خاص است؛ وضعیتی که گاه با ترکیب باکتری‌های مفید ساکن روده‌ها نیز ارتباط دارد. وقتی بدن نتواند یک ماده غذایی را به‌خوبی هضم کند، علائمی مانند نفخ، دل‌درد، اسهال یا احساس سنگینی ایجاد می‌شود. با این حال این واکنش‌ها معمولاً به شدت واکنش‌های آلرژیک نیستند و خطرهای جدی ایجاد نمی‌کنند. تفاوت مهم دیگر این است که افراد دارای عدم تحمل غذایی اغلب می‌توانند مقدارهای اندکی از آن ماده را بدون مشکل مصرف کنند، در حالی که در آلرژی واقعی حتی مقدار بسیار کم از غذا نیز ممکن است واکنش شدید ایجاد کند.
اصطلاح حساسیت غذایی نیز معمولاً برای توصیف مجموعه‌ای از واکنش‌های ناراحت‌کننده به کار می‌رود که الزاما آلرژیک نیستند. در بسیاری از موارد، این واکنش‌ها با برخی ترکیبات موجود در غذاها مرتبط‌اند. برای مثال گروهی از کربوهیدرات‌ها که با عنوان FODMAP شناخته می‌شوند ــ کربوهیدرات‌های کوتاه‌زنجیره‌ای که در روده کوچک به‌خوبی جذب نمی‌شوند ــ می‌توانند در برخی افراد ناراحتی گوارشی ایجاد کنند.