منشور حقوق بیمار، با وجود جایگاه راهبردی و ارزش اخلاقی والای خود در تعریف چارچوب روابط درمانی، به دلیل عدم تصویب در مجلس شورای اسلامی، فاقد اعتبار قانونی مستقل است. این بدان معناست که نقض مفاد این منشور به تنهایی و بدون استناد به قوانین دیگر نمی‌تواند مبنای مستقیمی برای پیگرد کیفری یا مطالبه خسارت مدنی در دادگاه‌های عمومی قرار گیرد؛ بنابراین منشور، در ذات خود، ضمانت اجرای حقوقی مستقیم و قدرتمندی ندارد.
با این حال، اهمیت عملی منشور در گرو پیوند آن با اسناد و قوانین بالادستی و مرتبط است. در واقع، ضمانت اجرای منشور از طریق «رویکردی ترکیبی» و با تکیه بر نظام حقوقی موجود محقق می‌شود. برای مثال، حق «رعایت حریم خصوصی بیمار» که در منشور تصریح شده، می‌تواند با استناد به اصول قانون اساسی، مواد قانون مسئولیت مدنی (برای جبران خسارت معنوی) و نیز قوانین جزایی مانند قانون مجازات اسلامی پیگیری شود.  افزون بر این، وزارت بهداشت می‌تواند با ادغام مفاد منشور در آیین‌نامه‌های داخلی یا دستورالعمل‌های اجرایی، برای آن ضمانت اجرای اداری ایجاد کند. در این حالت، منشور به عنوان سندی مرجع و اخلاقی عمل می‌کند که روح حاکم بر اقدام حقوقی است، اما پیکره قانونی این اقدام باید از قوانین مصوب تشکیل شود. در صورت وقوع تخلف، بسته به ماهیت عمل و شخص مرتکب، مراجع مختلفی برای رسیدگی پیش‌بینی شده است. اگر تخلف به یک پزشک یا عضو کادر درمان منتسب باشد، مرجع انتظامی نظام پزشکی صالح به رسیدگی است. در مواردی که عمل ارتکابی دارای وصف کیفری باشد، مانند افشای اسرار، می‌توان به مراجع قضایی کیفری و دادسراهای ویژه جرایم پزشکی مراجعه کرد.
اگر نقض حق توسط یک نهاد دولتی مانند بیمارستان‌های وابسته به دولت صورت گیرد، مسیر دیوان عدالت اداری قابل طی است. همچنین، برای دریافت خسارت مالی یا معنوی، مراجع قضایی حقوقی و برای شکایات اداری اولیه، واحدهای رسیدگی به شکایات درون بیمارستانی یا معاونت‌های درمان دانشگاه‌های علوم پزشکی هر استان، می‌توانند مورد مراجعه قرار گیرند. ضمانت اجراهای قابل اعمال نیز متنوع و مبتنی بر درجه تخلف است. در سطح انتظامی، سازمان نظام پزشکی می‌تواند طیفی از تذکر و اخطار تا تعلیق موقت یا حتی لغو پروانه اشتغال را اعمال کند. در سطح اداری، برای مراکز درمانی دولتی متخلف، ضمانت اجراها می‌تواند از اخطار کتبی تا کاهش اعتبار یا تعلیق فعالیت بخش مربوطه متغیر باشد. در موارد شدید و دارای عنصر مجرمانه، ضمانت اجرای کیفری شامل مجازات‌های مقرر در قانون مجازات اسلامی علیه شخص حقیقی (و در موارد نادر، حقوقی) اعمال می‌شود. با این وجود، اثبات نقض حقوقی، به‌ویژه در محیط درمان، دشوار است و بار اثبات بر دوش شاکی است. تجربه نیز نشان دا‌ده ضمانت اجراهای انتظامی و اداری اغلب خفیف اعمال می‌شوند و تمرکز بر مجازات فردی است.