از سال‌های قبل که روند عدم تناسب درآمد و هزینه‌های صندوق‌های بازنشستگی مطرح شد، همواره موضوع مهم این بود که هزینه‌های صندوق‌ها که عمدتا پرداخت حقوق بازنشستگان است بیش از تمامی درآمدهای متعلق به صندوق‌ها اعم از کسورات اعضای صندوق و سایر درآمدهای ناشی از فعالیت‌های اقتصادی است. علل اصلی مشکل صندوق‌ها که تبدیل به یکی از بزرگ‌ترین چالش‌های اقتصادی کشور شده است و در آینده نیز بیشتر خواهد شد، به اختصار به شرح زیر است: 1- پایین بودن سن بازنشستگی خصوصا در مورد کارکنان دولت. به‌عنوان مثال، یک دبیر آموزش‌وپرورش به‌طور متعارف در 20سالگی استخدام و زمان تحصیل وی در دانشکده‌های تربیت معلم نیز جزء سنوات محسوب می‌شود. این فرد در پنجاه‌سالگی بازنشسته می‌شود و با توجه به سن امید به زندگی، حداقل 30سال حقوق بازنشستگی دریافت می‌کند، یا برای بازماندگان ایشان مستمری پرداخت می‌شود. به تعبیر دیگر، 30سال کسورات بازنشستگی که 30درصد حداقل حقوق است توسط کارفرما و کارمند پرداخت شده و در مقابل 30سال حقوق کامل دریافت می‌کند. این در حالی است که عمده کشورهای دیگر یا صندوق‌های بازنشستگی به‌صورت صندوق‌های متعارف در کشور ما، ندارند و میزان پرداخت حق‌بیمه با توجه به خرید حقوق بازنشستگی متفاوت است یا سن بازنشستگی بین 65تا 67سال است.  2- کسورات مهم کارفرمای بزرگ کشور (دولت) در دوره اشتغال کارمند در سنوات قبل به‌صورت دیون پرداخت نشده، و بابت رددیون به صندوق‌ها، شرکت‌های دولتی را که با بهره‌وری پایین و رانت دولتی مشغول به فعالیت بوده‌اند، به صندوق‌های بازنشستگی واگذار کرده است که علاوه بر عدم کارایی این شرکت‌ها، به‌علت ساختار قبلی دولتی، روش مدیریت خصولتی که نه دولتی است و نه خصوصی، از کارایی چندانی برخوردار نیست و نتوانسته سهم زیادی از هزینه‌های صندوق‌های بازنشستگی را تامین کند. 3- مجموع قوانین و مقررات سربار شده به صندوق‌ها، مانند بازنشستگی پیش از موعد، افزایش سنواتی حقوق بازنشستگان، بیمه بیکاری، سنوات ارفاقی، مرخصی زایمان و... بدون در نظر گرفتن منابع تامین وجوه آن توسط قانونگ‌ذار و دولت‌ها وضع و موجب افزایش هزینه‌های صندوق‌ها شده است. مجموع سه دلیل عمده فوق‌الذکر همراه با دلایل دیگر که مجال طرح آن در یک یادداشت نمی‌گنجد، باعث شده که همواره مجموع هزینه‌های صندوق‌ها از تمامی درآمدهای آنان بالاتر باشد و هرساله در بودجه کشور، قسمت عمده‌ای از بودجه جاری مربوط به کمک به صندوق‌های بازنشستگی است. از نگاه مالیاتی مشخص است که درآمدهای ناشی از کسورات اعضای صندوق‌ها هنگام پرداخت حقوق واریزی، سهم کارمند و کارگر و مالیات آن پرداخت شده و اخذ دوباره مالیات با تفسیرهای سازمان امور مالیاتی، مالیات مضاعف به‌شمار می‌رود. درآمد ناشی از شرکت‌های متعلق به صندوق‌ها نیز گرچه شخصیت مستقل حقوقی دارند، اما درآمد آنان متعلق به صندوق‌هاست که در حال حاضر مشمول پرداخت مالیات هستند. این در حالی است که روح قانون مالیات بر این است که مالیات‌دهنده شخصی است که درآمدش بیشتر از هزینه‌هایش باشد. به‌عبارتی، مالیات به سود و درآمد اضافی تعلق می‌گیرد و صندوق‌های بازنشستگی همواره با کسری درآمد مواجه هستند و این نوع اخذ مالیات غیرمستقیم از صندوق‌ها فقط بازی با حساب‌ها در عملیات حسابداری است. به‌عبارتی، از طرفی دولت مالیات از شرکت‌های متعلق به صندوق‌های بازنشستگی می‌گیرد و در بودجه نیز به این موضوع افتخار می‌کند که سهم مالیات در بودجه افزایش یافته است و از طرفی با اختصاص ردیف بودجه به همان مالیات اخذ‌‌شده را همراه با مبالغ اضافی به صندوق‌ها به‌عنوان کمک عودت می‌دهد. اخیرا وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی درخواست اصلاح قانون و نحوه تفسیر سازمان امور مالیاتی از بند «ج» ماده «129» قانون مالیات‌های مستقیم را به دولت ارائه کرده است که متعاقبا به‌صورت لایحه به مجلس ارائه شود. گرچه این اقدام برای حل قسمت کوچکی از مشکلات صندوق‌ها بایستی موردتوجه قرار گیرد، اما به نظر می‌رسد تا عدم ارائه طرح جامع و کامل برای تعادل بخشیدن به درآمد و هزینه‌های صندوق‌ها، مشکلات آنان به‌مراتب بیشتر از این است که با اصلاح قانون مالیات درد چندانی از آن‌ها دوا کند، گرچه شاید به‌عنوان داروی مُسکن در این مقطع، اندکی توجیه داشته باشد.