با وجود آنکه با اجرای طرح تحول سلامت، هزینه بستری در مراکز دولتی کاهش یافت، اما شاهد هستیم که گاه برخی پزشکان با ایجاد تقاضاهای القایی، بیمار را به سمت انتخاب درمان‌های غیرضروری تهییج می‌کنند. البته این وضعیت به‌هیچ‌وجه شامل همه پزشکان نمی‌شود، اما واقعیت این است که گاه برخی پزشکان برای دریافت کارانه بیشتر، مسیر علمی درمان را فراموش می‌کنند و مسیر پرهزینه‌تر را پیش روی بیمار می‌گذارند.

متاسفانه به دلیل وجود نظام کارانه‌ای، شاهد هستیم که برخی پزشکان نیازهای القایی در بیمار ایجاد می‌کنند و تلاش دارند با القای جراحی یا درمان‌های غیرضروری به بیمار کارانه بیشتری دریافت کند. به طور کلی، با افزایش کارانه‌ها پس از اجرای طرح تحول سلامت، هزینه «روز تخت» در بیمارستان‌ها حدود سه برابر شد، به طوری که هم‌اکنون یک عمل جراحی ساده، 4 تا 5 میلیون تومان برای بیمه‌ها و نظام سلامت آب می‌خورد.

 ریشه بسیاری از این مشکلات به نظام پرداخت کارانه برمی‌گردد. این نظام پرداختی عمدتا در کشورهای درحال‌توسعه رایج است. اینکه به ازای تعداد عمل‌های جراحی و به ازای تعداد خدمات ارائه‌شده از سوی پزشک، به او کارانه پرداخت شود، می‌تواند  در صورت فقدان نظارت کارآمد پزشک را به سمت تقاضاهای القایی بکشاند و او را ترغیب به تجویزهای غیرضروری کند. در حالی که باید برای هر بسته ارائه خدمات بهداشتی و درمانی در مراکز درمانی قیمتی مشخص تعیین شود و بر اساس آن بسته خدماتی به پزشک دستمزد پرداخت شود. به‌عنوان مثال، هر چند برای تشویق پزشکان و مادران باردار به انجام زایمان طبیعی، در طرح تحول نظام سلامت مشوق‌هایی دیده‌شده اما هنوز شاهد آمار نسبتا بالای سزارین هستیم. مثلا نظام سلامت می‌تواند در نظر بگیرد که برای یک منطقه شهر، چه تعداد عمل جراحی آپاندیس نیاز است. سپس بر اساس این محاسبات علمی، هزینه بسته ارائه این خدمت را به آن مرکز درمانی پرداخت کند. با این شیوه پرداخت، که با عنوان پرداخت مبتنی بر گروه‌های تشخیصی شناخته می‌شود، پزشک یا مرکز درمانی تلاشی برای افزایش نیازهای القایی نخواهد داشت، زیرا از این طریق درآمد بیشتری کسب نمی‌کند. تغییر نظام پرداخت مبتنی بر خدمت یا همان Fee For Service به روش پرداخت گروه‌های تشخیصی (DRG) می‌تواند به شکل چشمگیری از اتلاف هزینه‌های نظام سلامت و تحمیل هزینه‌های غیرضروری به بیمه‌های درمانی جلوگیری کند. در شرایطی که روزبه‌روز به هزینه‌های نظام سلامت افزوده می‌شود، انتخاب این شیوه از پرداخت می‌تواند کیفیت ارائه خدمات درمانی را نیز ارتقا ببخشد و مبحث «هزینه- اثربخشی» و صرفه‌جویی در اعتبارات را در نظام سلامت نهادینه سازد.