طرح تحول سلامت، نکات مثبت و منفی متعددی دارد. در آغاز، کاهش پرداخت‌ها از جیب مردم و افزایش ماندگاری پزشکان در مراکز درمانی دولتی و دانشگاهی، موجب افزایش رضایتمندی مردم شد. اما نکته اینجاست که سیستم نظام ارجاع و برنامه پزشک خانواده، به‌طور کامل اجرا نشد. به دلیل رعایت‌نشدن نظام ارجاع، شاهد هستیم که گاهی یک بیمار با علائم سرماخوردگی، به فوق‌تخصص ریه مراجعه می‌کند. مجموع این اقدامات غیرضروری در حوزه درمان، موجب افزایش هزینه بیمار و بیمه‌ها شده است.  حتی گاهی می‌بینیم که بیمار در طول روز، چندبار در چند مرکز درمانی مختلف ویزیت می‌شود. این اقدامات کنترل‌نشده، موجب شده است که مصارف طرح تحول سلامت بسیار افزایش پیدا کند و تناسبی با منابع آن نداشته باشد. همچنین وزارت بهداشت باید قبل از شروع طرح تحول سلامت، راهنمای بالینی را ابلاغ می‌کرد. اگرچه بیمه‌ها می‌توانستند راهنمای بالینی را ابلاغ کنند، اما متاسفانه وزارت بهداشت اجازه دخالت نداد و خود نیز راهنمای بالینی علمی را ابلاغ نکرد. 

به دلیل نبود راهنمای بالینی، برخی هزینه‌های غیرضروری به نظام سلامت تحمیل شد و برخی بیماران، به فرآیندهای تشخیصی و درمانی غیرضروری، سوق داده شدند. از سوی دیگر، در جریان اجرای طرح تحول سلامت، سازمان‌های بیمه‌گر، نقشی در اعتباربخشی بیمارستان‌ها نداشتند؛ طوری که وزارت بهداشت، خود ارزیاب پرورش می‌داد و به بیمارستان‌ها اعزام می‌کرد. نکته قابل‌تامل اینجاست که در اعتباربخشی بیمارستان‌ها، اغلب بیمارستان‌های دولتی و دانشگاهی، به عنوان مرکز درمانی درجه یک شناخته می‌شدند، درحالی که خیلی از این بیمارستان‌ها درجه یک و بعضا"حتی قابل ارزیابی نبودند. هزینه این اعتباربخشی‌های مخدوش، از سوی سازمان‌های بیمه‌گر تقبل می‌شد که این مسئله نیز هزینه‌های طرح تحول سلامت را افزایش داد. درحالی که اعتباربخشی بیمارستان‌ها باید از سوی بیمه‌ها انجام شود و این یک قاعده علمی است؛ زیرا بیمه‌ها قرار است منابع لازم را تامین کنند، اما رعایت‌نشدن این اصل، موجب افزایش هزینه‌های طرح تحول سلامت شد. همچنین نباید از خاطر برد که در جریان اجرای طرح تحول سلامت، تعادلی نیز بین تعرفه‌های خدمات پزشکی و سرانه نظام سلامت ایجاد نشد. امیدواریم که در سال آینده، مشکلات مالی طرح تحول سلامت حل شود و تعادل در منابع و مصارف این طرح کلان به روال علمی برگردد، زیرا با تداوم شرایط فعلی، اقتصاد سلامت به بن‌بست جدی خواهد رسید.