در تازهترین و مهمترین تحولات پس از توافق هستهای ایران و کشورهای 1+5 و پس از تصویب طرح مجلس در مورد اجرای این توافق، مقام معظم رهبری در نامهای خطاب به حسن روحانی، رئیسجمهور، با تاکید بر برخی ملاحظات، اجرای برجام را تایید کردند. ایشان درباره اجرای این توافق و مدیریت آثار آن 9 دستور مهم صادر کردند. به گزارش پایگاه اطلاعرسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیتالله خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی در این نامه با اشاره به بررسیهای دقیق و مسئولانه برجام در مجلس شورای اسلامی و شورای عالی امنیت ملی و عبور این موافقتنامه از مجاری قانونی، دستورات مهمی را در خصوص رعایت و حفظ منافع ملی و مصالح عالیه کشور صادر کردند و با برشمردن تاکیدات و الزامات نهگانه در اجرای برجام، مصوبه جلسه 634 مورخ 19/5/94 شورای عالی امنیت ملی را با رعایت موارد و الزاماتی تایید کردند.
در مقدمه این نامه آمده است: «اکنون که موافقتنامه موسوم به برجام پس از بررسیهای دقیق و مسئولانه در مجلس شورای اسلامی، کمیسیون ویژه و دیگر کمیسیونها و نیز در شورای عالی امنیت ملی سرانجام از مجاری قانونی عبور کرده و در انتظار اعلام نظر اینجانب است، لازم میدانم نکاتی را یادآور شوم تا جنابعالی و دیگر دستاندرکاران مستقیم و غیرمستقیم آن، فرصتهای کافی برای رعایت و حفظ منافع ملی و مصالح عالیه کشور در اختیار داشته باشید.»
مقام معظم رهبری در این نامه تاکید کردند: «پیش از هرچیز لازم میدانم از همه دستاندرکاران این فرآیند پرچالش، در همه دورهها از جمله هیئت مذاکرهکننده اخیر که در توضیح نقاط مثبت و در اصل تثبیت آن نقاط همه سعی ممکن خود را به کار بردند و نیز از منتقدانی که با ریزبینی قابلتحسین، نقاط ضعف آن را به همه ما یادآور شدند و مخصوصا از رئیس و اعضای کمیسیون ویژه مجلس و نیز از اعضای عالیمقام شورای عالی امنیت ملی که با درج ملاحظات مهم خود برخی از نقاط خلا را پوشش دادند و سرانجام از رئیس و نمایندگان مجلس شورای اسلامی که با تصویب طرحی محتاطانه، راه درست اجرا را به دولت ارائه کردند و نیز از رسانه ملی و نویسندگان مطبوعات کشور که با همه اختلافنظرها درمجموع تصویر کاملی از این موافقتنامه در برابر افکار عمومی نهادند، قدردانی خود را اعلام دارم. این مجموعه پرحجم کار و تلاش و فکر در مسئلهای که گمان میرود از جمله مسائل بهیادماندنی و عبرتآموز جمهوری اسلامی باشد، درخور تقدیر و مایه خرسندی است. به همین دلیل با اطمینان میتوان گفت که پاداش الهی برای این نقشآفرینیهای مسئولانه، مشتمل بر نصرت و رحمت و هدایت ذات حضرت حق خواهد بود انشاءالله، زیرا وعده نصرت الهی در برابر نصرت دین او تخلفناپذیر است.»
حضرت آیتالله خامنهای با یادآوری رویکرد خصومت و اخلال آمریکا در برابر ایران که عامل این خصومت تمامنشدنی، ماهیت و هویت جمهوری اسلامی ایران است و تاکید بر این واقعیت که این دشمنی تا هنگامی که جمهوری اسلامی با قدرت درونی و پایدار خود آنان را مایوس کند ادامه خواهد داشت، افزودند:
«پذیرش مذاکرات از سوی ایران اساسا با هدف لغو تحریمهای ظالمانه اقتصادی و مالی صورت گرفته است و اجرایی شدن آن در برجام به بعد از اقدامهای ایران موکول شده. لازم است تضمینهای قوی و کافی برای جلوگیری از تخلف طرفهای مقابل تدارک شود، که از جمله آن اعلام کتبی رئیسجمهور آمریکا و اتحادیه اروپا مبنی بر لغو تحریمهاست. در اعلام اتحادیه اروپا و رئیسجمهور آمریکا باید تصریح شود که این تحریمها بهکلی برداشته شده است. هرگونه اظهاری مبنی بر اینکه ساختار تحریمها باقی خواهد ماند، بهمنزله نقض برجام است.» مقام معظم رهبری در این نامه با الزام سازمان انرژی اتمی به تحقیق و توسعه در ابعاد مختلف بهگونهای که در پایان دوره هشتساله هیچ کمبود فناوری برای ایجاد غنیسازی مورد قبول در برجام وجود نداشته باشد، افزودند: «توجه شود که موارد ابهام سند برجام، تفسیر طرف مقابل مورد قبول نیست و مرجع، متن مذاکرات است.» ایشان همچنین تاکید کردند: «وجود پیچیدگیها و ابهامها در متن برجام و نیز گمان نقض عهد و تخلفات و فریبکاری در طرف مقابل بهویژه آمریکا، ایجاب میکند که یک هیئت قوی و آگاه و هوشمند برای رصد پیشرفت کارها و انجام تعهدات طرف مقابل و تحقق آنچه بدان تصریح شده تشکیل شود. ترکیب و وظایف این هیئت باید در شورای عالی امنیت ملی تعیین و تصویب شود. با توجه به آنچه ذکر شد، مصوبه جلسه ۶۳۴ مورخ 19/۵/94 شورای عالی امنیت ملی با رعایت موارد یادشده تایید میشود.»
حضرت آیتالله خامنهای در نامه مهم خود به رئیسجمهوری همچنین فرمودند: «همانطور که در جلسات متعدد به آن جناب و دیگر مسئولان دولتی یادآور شدهام و در جلسات عمومی به مردم عزیزمان گوشزد کردهام، رفع تحریمها هرچند از باب رفع ظلم و احقاق حقوق ملت ایران کار لازمی است، لیکن گشایش اقتصادی و بهبود معیشت و رفع معضلات کنونی جز با جدی گرفتن و پیگیری همهجانبـه اقتصاد مقـاومتی میسر نخواهد شـد. امید است مراقبت شود که این مقصود با جدیت تمام دنبال شود و بهخصوص به تقویت تولید ملی توجه ویژه صورت گیرد. و نیز مراقبت فرمایید که وضعیت پس از برداشته شدن تحریمها، به واردات بیرویه نینجامد، و بهخصوص از وارد کردن هرگونه مواد مصرفی از آمریکا جدا پرهیز شود.»